2021年6月9日，山东第一医科大学/山东省医学科学院史卫峰，悉尼大学Edward C. Holmes及中国科学院西双版纳热带植物园Alice Catherine Hughes共同通讯在Cell 在线发表题为“Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses”的研究论文，该研究描述了 2019 年 5 月至 2020 年 11 月期间从中国云南省一个小地理区域收集的 411 个蝙蝠样本的元转录组学研究。该研究确定了 24 个全长冠状病毒基因组，包括四个新型 SARS-CoV-2 相关和三个SARS-CoV 相关病毒。  

　　

　　Rhinolophus pusillus 病毒 RpYN06 在大部分基因组中是 SARS-CoV-2 的近亲，尽管它具有更多样化的刺突基因。其他三种与 SARS-CoV-2 相关的冠状病毒携带一个基因上独特的刺突基因，该基因可以在体外与 hACE2 受体弱结合。生态模型预测了多达 23 种Rhinolophus蝙蝠物种的共存，最大的连续热点从老挝南部和越南延伸到中国南部。该研究强调了蝙蝠冠状病毒在当地范围内的显著多样性，包括 SARS-CoV-2 和 SARS-CoV 的近亲。 

　　

　　人类中的大多数病毒病原体都源自人畜共患，由偶然（例如冠状病毒、埃博拉病毒）或频繁（例如禽流感 A 病毒）的动物溢出感染引起。蝙蝠（手足目）是仅次于啮齿类动物的第二大哺乳动物目，目前包括约 1420 个物种，约占所有命名哺乳动物物种的 22%。蝙蝠是众所周知的多种病毒的宿主，这些病毒会导致人类严重疾病，并且与亨德拉病毒、马尔堡病毒、埃博拉病毒以及最显著的冠状病毒的外溢有关。 除了蝙蝠和人类，冠状病毒还可以感染多种家养和野生动物，包括猪、牛、小鼠、猫、狗、鸡、鹿和刺猬。 

　　到 2020 年，已知的人类冠状病毒 (HCoV) 有7种：HCoV-229E、HCoV-OC43、SARS-CoV、SARS-CoV-2、HCoV-NL63、HCoV-HKU1 和中东呼吸道冠状病毒 (MERS-CoV)。 已知 HCoV-229E、HCoV-NL63、SARS-CoV 和 MERS-CoV 具有人畜共患病起源，蝙蝠可能是重要的宿主，尽管有时在人类中出现后通过所谓的“中间”宿主（如 SARS -CoV  的果子狸和MERS-CoV 的单峰骆驼）。同样，有人提出啮齿动物可能是 HCoV-OC43 和 HCoV-HKU1 的天然宿主，牛可能是 HCoV-OC43 的中间宿主。 

　　回顾性基因组测序和持续采样相结合，然后在野生动物中鉴定了与 SARS-CoV-2 相关的冠状病毒。其中包括：（i）蝙蝠（Rhinolophus affinis）病毒 RaTG13，它在整个病毒基因组中与 SARS-CoV-2 具有最大的序列同一性；(ii) 蝙蝠 (R. malayanus) 衍生的冠状病毒 RmYN02，它是长 ORF1ab 基因中与 SARS-CoV-2 最接近的亲属，并且在刺突基因的 S1/S2 切割位点包含类似的核苷酸插入；(iii) 来自马来亚穿山甲（Manis javanica）的病毒，包括两个谱系；(iv) 来自在日本采样的蝙蝠 (R.cornutus) 中距离更远的 SARS-CoV-2 相关冠状病毒。 

　　

　　文章模式图（图源: Cell ） 

　　最近，在 2010 年从柬埔寨采样的 R.shashali 蝙蝠中描述了两种新型 β冠状病毒（STT182 和 STT200），它们与 SARS-CoV-2 中观察到的六个关键 RBD 位点中的五个具有 92.6% 的核苷酸同一性。此外，最近发现了一种于 2020 年 6 月从泰国分离的新型蝙蝠（R. acuminatus）冠状病毒（RacCS203），发现与 RmYN02 密切相关。总的来说，这些研究表明，亚洲广大地区的蝙蝠携带与 SARS-CoV-2 密切相关的冠状病毒，并且这些病毒的系统发育和基因组多样性可能被低估了。在此，该研究报告了来自中国云南省的其他蝙蝠冠状病毒的发现，它们揭示了这些病毒更多的多样性和复杂的进化历史，包括跨物种传播和基因组重组。 

　　该研究描述了 2019 年 5 月至 2020 年 11 月期间从中国云南省一个小地理区域收集的 411 个蝙蝠样本的元转录组学研究。该研究确定了 24 个全长冠状病毒基因组，包括四个新型 SARS-CoV-2 相关和三个SARS-CoV 相关病毒。  

　　Rhinolophus pusillus 病毒 RpYN06 在大部分基因组中是 SARS-CoV-2 的近亲，尽管它具有更多样化的刺突基因。其他三种与 SARS-CoV-2 相关的冠状病毒携带一个基因上独特的刺突基因，该基因可以在体外与 hACE2 受体弱结合。生态模型预测了多达 23 种Rhinolophus蝙蝠物种的共存，最大的连续热点从老挝南部和越南延伸到中国南部。该研究强调了蝙蝠冠状病毒在当地范围内的显著多样性，包括 SARS-CoV-2 和 SARS-CoV 的近亲。 

　　

   （来源：生命科学前沿） 

　　原文出处：Hong Zhou, Jingkai Ji, Xing Chen, et al. Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses[J].Cell. June 09, 2021. 

　　链接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00709-1#%20