公共卫生学术热点追踪
新型冠状病毒肺炎文献梳理(2020.02.23)
本文检索并整理了世卫组织公布新冠病毒全球研究的九大重点：新冠病毒的自然史、传播模式和诊断方法；识别动物宿主；流行病学研究；临床特征和管理；疫情防控；候选疗法的研发；候选疫苗的研发；伦理评估；应对疫情相关的社会科学层面诸多问题的潜在驱动因素九个领域的新文献，共梳理出8篇文献，供参考。详情如下：
一、新冠病毒的自然史、传播模式和诊断方法
1. 2020年2月21日《Infection, Genetics and Evolution》：匹兹堡大学科学家研究COVID-19病毒的遗传多样性与进化
机构或团队：匹兹堡大学、匹兹堡大学医学中心
事件概要：
2月21日，《Infection, Genetics and Evolution》上发表了匹兹堡大学和匹兹堡大学医学中心的题为“Coronavirus epidemic snarls science worldwide”的文章，对86个COVID-19全基因组和近全基因组（near-complete genomes）进行了遗传分析。
基因组数据下载自GISAID数据库（https://www.GISAID.org/），86个病毒基因组来自中国（50例）、美国（11例）、澳大利亚（5例）、日本（5例）、法国（4例）、新加坡（3例）、英国（2例）、中国台湾（2例）、韩国（1例）、比利时（1例）、德国（1例）和越南（1例）的SARS-CoV-2感染患者。采用ClustalX2进行了双序列核酸比对，并以China/WHU01/2020/EPI_ISL_406716的基因序列作为参考基因组。
文章发现COVID-19的编码区和非编码区存在许多突变和缺失。这些分析结果为这种新型冠状病毒的遗传多样性和快速进化提供了证据。
原文链接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1567134820300915
2. 2020年2月21日bioRxiv预印版：2019年新型冠状病毒受体结合的多尺度和比较模型及其在宿主细胞中生命周期的影响
机构或团队：艾伯特·爱因斯坦医学院
事件概要：
艾伯特·爱因斯坦医学院的科研人员在bioRxiv预印版平台发表论文“A Multiscale and Comparative Model for Receptor Binding of 2019 Novel Coronavirus and the Implication of its Life Cycle in Host Cells”，从分子水平上提供了一种可能的解释，即新疾病的传播速度远快于SARS。
文章提到，自2019年12月以来，由新型冠状病毒引起的呼吸系统综合症已从中国涌现，并在全球造成1000多人死亡，这种称为2019年新型冠状病毒（2019-nCoV）的新病毒使用与血管紧张素转换酶2（ACE2）以冠状病毒的形式袭击人类，这种病毒在17年前导致了严重的急性呼吸道综合症（SARS）。两种病毒都通过其表面的刺突蛋白（S蛋白）识别ACE2，发现来自SARS冠状病毒的S蛋白（SARS-CoV）与ACE2的结合要强于2019-nCoV，但是生物系统的功能通常处于动力学而非热力学控制之下。为了解决这个问题，科研人员构建了ACE2和2019-nCoV的S蛋白之间形成的复合物的结构模型，通过多尺度模拟方法可以估计它们的缔合率并将其与SARS-CoV中S蛋白的结合进行比较。模拟结果表明，新病毒与受体的结合要比SARS慢，这与最近获得的实验数据一致。科研人员进一步将这种病毒和受体之间缔合速率的差异整合到一个数学模型中，该模型描述了病毒在宿主细胞中的生命周期及其与先天免疫系统的相互作用。有趣的是，科研人员发现病毒与受体之间较慢的缔合可以导致更长的潜伏期，同时仍保持人体中相对较高的病毒浓度。因此，科研人员的计算研究从分子水平上提供了一种可能的解释，即新疾病的传播速度远快于SARS。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.20.958272v1.full.pdf
二、识别动物宿主
1. 2020年2月20日bioRxiv预印版：2019新型冠状病毒与穿山甲冠状病毒相关，但不能直接支持其源于后者
机构或团队：
广东省应用生物资源研究所广东省动物保护与资源利用重点实验室/广东省野生动物保护与利用公共实验室；中国水产科学研究院南海水产研究所农业部南海渔业资源开发利用重点实验室；密苏里大学医学院分子微生物与免疫学系等
事件概要：
bioRxiv于2月20日出版了广东省应用生物资源研究所等发表的预印本论文“Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) ?”。
文章指出，最近的研究表明，2019-nCoV可能是蝙蝠起源的，但涉及其他潜在的中间宿主。
这项研究组装了患病穿山甲中鉴定出的冠状病毒基因组。分子和系统发育分析表明，穿山甲冠状病毒（pangolin-CoV）与2019-nCoV和蝙蝠冠状病毒均具有遗传相关性，但并不能直接支持2019-nCoV从穿山甲CoV产生的推断。
该项研究还表明，穿山甲是β冠状病毒的天然宿主，具有感染人类的潜力。对穿山甲中冠状病毒的大规模监测可以增进对穿山甲中冠状病毒谱的了解。保护野生动物和限制人类接触野生动物对于降低冠状病毒由野生动物向人类溢出的风险至关重要。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.18.954628v1
三、流行病学研究
1. 2020年2月20日《The Lancet Digital Health》基于众包数据的2019年冠状病毒疾病暴发的早期流行病学分析：一项人群水平的观察性研究
机构或团队：美国国家卫生研究院福格蒂国际中心国际流行病学和人口研究所
事件概要：
The Lancet Digital Health于2月20日出版了国际流行病学和人口研究所等发表的论文“Early epidemiological analysis of the coronavirus disease 2019 outbreak based on crowdsourced data: a population-level observational study”。文章显示，随着2019年冠状病毒病(COVID-19)暴发的进展，需要流行病学数据来指导态势感知和调整策略。本研究描述了编写和传播关于COVID-19的流行病学信息的努力，这些信息主要来自新闻媒体和社交网络。
在这一人群层面的观察性研究中，研究人员搜索了DXY.cn网站（这是一个以医疗保健为导向的社交网络，目前正在报导中国地方和国家卫生机构给出的关于COVID-19新闻）。编制了一份2020年1月13日至1月31日中国COVID-19患者的个人名单和每日省级病例统计表单。文章还从全球新闻媒体(共同社、海峡时报和CNN)、各国政府和卫生当局新闻中收集了一份COVID-19病例的国际感染者表单。文章评估了COVID-19的流行病学趋势，并研究了中国各地的疫情发展，评估了症状出现、在医院或诊所寻求治疗以及在2020年1月18日之前和之后的报告，因为对疫情的认识有所增加。
研究表明，2020年1月13日至1月31日报道的507例COVID-19患者的数据，其中中国大陆364例，国外143例，其中男性281例(55%)，中位年龄46岁(IQR 35-60)。15岁以下的患者很少(13例[3%])，中国患者的年龄分布也证实了儿童感染的很少。在整个分析期间，湖北省出现症状和到医院或诊所就诊之间的延迟时间比中国大陆其他省份和国际上都要长。在中国大陆，这些延迟时间从2020年1月18日之前的5天减少到2020年1月31日之后的2天(p=0.0009)。研究指出，该样本在分析期间只捕获了官方来源报告的9826例COVID-19患者中的507例(5.2%)，但其数据与中国官方于2020年1月28日发布的报告一致。
研究显示，新闻报道和社会媒体可以帮助明确疫情的进展，并在卫生紧急情况下提供详细的患者级数据。一个以医生为中心的社交网络的可用性促进了中国COVID-19数据的公开和可收集。随着疫情的发展，社交媒体和新闻报道可能会捕捉到越来越少的COVID-19病例，这是由于报道疲劳和卫生保健系统不堪重负造成的。在疫情的早期阶段，公共数据集的可获得性对于鼓励独立团队进行分析工作和提供有力证据指导干预措施具有重要意义。
原文链接：
https://www.thelancet.com/journals/landig/article/PIIS2589-7500(20)30026-1/fulltext
四、临床特征和管理
1. 2020年2月20日《柳叶刀》预印版：5732例2019-nCoV感染患者的临床特征分析
机构或团队：
淄博中心医院整形外科；首都医科大学康复系
事件概要：
《柳叶刀》预印版于2月20日发表了淄博中心医院整形外科等发表的论文“Clinical Characteristics of 5732 Patients with 2019-nCoV Infection”，通过分析2019年新冠状病毒(2019- ncov)患者的临床特征，旨在为2019年新冠状病毒(2019- ncov)的治疗和预防提供可靠的循证医学依据。
作者通过检索PubMed、Cochrane Library、Embase等数据库。收集2019-nCoV感染临床特征的相关研究进行meta分析。8项指标， 5732例2019-nCoV感染病例被纳入Meta分析。
根据Meta分析，在2019-nCoV感染患者的临床特征中，发烧的发生率为90.9％，咳嗽的发生率 是70.8％，肌肉酸痛或疲劳的发生率是41％。急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的发生率为14.8％，胸部CT异常的发生率为95.6％，重症病例在所有感染病例中的比例为24.3％，2019-nCoV感染患者的死亡率为6.4 ％。发热、咳嗽是2019-nCoV感染患者最常见的症状，多数患者胸部CT检查异常。有些人有肌肉酸痛或无力，ARDS。腹泻、咳血、头痛、咽喉痛、休克等症状只在少数患者中出现。2019-nCoV感染患者的死亡率低于严重急性呼吸综合征(SRAS)和中东呼吸综合征(MERS)患者。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：
https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3539664
五、候选疗法的研发
1. 2020年2月21日《Signal Transduction and Targeted Therapy》精确皮质类固醇激素疗法对2019-nCoV严重肺炎的潜在益处
机构或团队：北京放射医学研究所、首都医科大学、河北省人民医院、浙江大学医学院附属第二医院、同济医院、武汉市肺科医院
事件概要：
北京放射医学研究所等于2020年2月21日在Signal Transduction and Targeted Therapy期刊发表题为“Potential benefits of precise corticosteroids therapy for severe 2019-nCoV pneumonia”的文章。文章指出，2020年2月7日，中国国家卫生健康委员会发布了《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第五版）》，并为重症病例提供了系统的治疗策略。其中，系统性皮质类固醇治疗（甲基泼尼松龙，每公斤体重<1-2mg，持续3-5天）被推荐作为辅助治疗，这立即引发了人们对这种新型冠状病毒感染患者是否可以从皮质类固醇治疗中受益的担忧。
皮质类固醇治疗是否可以挽救危重2019-nCoV感染患者？
皮质类固醇由于其抑制旺盛和机能障碍的系统性炎症的优异药理作用，被广泛用于预防严重的社区获得性肺炎（sCAP）引起的肺损伤。一些学者可能不支持皮质类固醇用于新型冠状病毒性肺炎（NCP）的治疗，因为观察性研究和系统评价表明，皮质类固醇治疗病毒性肺炎（如SARS、MERS和H1N1）的疗效尚无定论。此外，据报道，早期使用大剂量皮质类固醇进行脉冲剂量疗法或长期给药可能有害。但是，这些结论掩盖了皮质类固醇对某些亚组患者的临床益处，尤其是那些具有严重症状的患者，因为其临床影响可能与症状（疾病的严重程度）、干预时间、皮质类固醇治疗的剂量和持续时间有关。
一系列随机临床试验（RCT）显示，低剂量或生理剂量的皮质类固醇激素治疗并不能降低原发性肺部感染引起的败血性休克所致的死亡率，但可以为继发性结局带来临床益处，例如早期逆转休克，离开重症监护病房和机械通气的持续时间较短。此外，重度ARDS严重患者的抢救性皮质类固醇治疗可以缓解肺纤维化并防止进行性病理恶化，这为解释为什么一些SARS感染的危重患者受益于抢救性皮质类固醇治疗。更重要的是，在低剂量皮质类固醇辅助治疗组中，严重HIN1疾病的死亡率降低。这些结果都表明，低剂量皮质类固醇的合理使用可能为2019-nCoV的重症患者带来生存优势，但这种治疗应严格针对具有明确临床指征（如难治性ARDS、败血症或败血症性休克）的NCP患者。
当前证据：皮质类固醇激素治疗对NCP危重患者的临床益处
研究人员与一线ICU医生合作，首先评估了皮质类固醇治疗武汉市2019-nCoV感染的严重或致命病例的疗效。2020年1月1日至1月29日，武汉市肺科医院收治了首批15例平均年龄为61.7岁的NCP危重病人。在15例患者中，有15例（100.0％）表现为双侧肺炎、低氧血症和中度或重度ARDS，其中14例（93.3％）感染，8例（53.3％）伴有休克，9例（60.0％）多器官损伤。所有患者在进入ICU前后均接受了包含无创氧疗和抗生素和/或抗病毒剂的治疗，这些治疗并不能改善低氧血症。根据指南，进入ICU后立即开始平均接受9.5天的糖皮质激素治疗（氢化可的松等效剂量的中位数剂量为400.0 μmg/天），并随访所有患者的病情直至2020年2月9日。研究人员观察到这些重症或致命性NCP患者的ICU死亡率为46.7％（7/15），与未经皮质类固醇治疗的MERS危重患者的时变混杂因素调整后的死亡率相近，这表明皮质类固醇可能不会改善关键NCP患者的ICU死亡率。但是，与此同时，在头3-5天进行系统性皮质类固醇激素治疗可以提高血氧饱和度（SaO2）和动脉血氧张力（PaO2）/吸氧分数（FiO2），通过与有创机械通气（IMV）协作可以进一步增强这两者。皮质类固醇对并发ARDS和休克或多器官损伤的NCP患者的生存优势没有发挥任何干预作用（七名患者，全部死亡）。然而，ARDS阶段的糖皮质激素治疗将有效抑制炎症风暴，并获得宝贵的时间来控制感染并预防继发性多器官损伤和休克，这意味着与其他强化治疗结合使用时，糖皮质激素具有协同的生物学作用。
研究人员指出，由于样本量的不足和对照组的匹配，到目前为止，我们尚无法轻易得出关于糖皮质激素在2019-nCoV患者中的作用的准确结论。但是，我们的临床经验和前15名NCP危重患者治疗过程中的可用描述性数据倾向于支持皮质类固醇治疗2019-nCoV危重患者的特定亚组。
研究指出，中国政府已采取有效措施，以防止可能的全国性或全球性的2019-nCoV大流行。为重症NCP患者提供最合理的治疗可能是我们将面临的另一挑战。尽管现有总生存率并没有明显改善，但根据现有研究和临床经验，研究人员赞同低剂量皮质类固醇治疗2019-nCoV重症患者的潜在益处。
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41392-020-0127-9#citeas
2. 2020年2月20日ChemRxiv预印本：武汉冠状病毒2019-nCoV再利用治疗法:基于超级计算机分析的病毒刺突蛋白与人类ACE2受体的结合
机构或团队：田纳西大学分子生物物理学中心；橡树岭国家实验室；田纳西大学生物化学与细胞与分子生物学系
事件概要：
ChemRxiv预印本于2月20日发表了田纳西大学分子生物物理学中心等发表的论文“Repurposing Therapeutics for the Wuhan Coronavirus nCov-2019: Supercomputer-Based Docking to the Viral S Protein and Human ACE2 Interface”。
新型冠状病毒(2019-nCoV)已被测序，该病毒与SARS-CoV有很多相似之处。本研究使用一个计算模型的2019-nCoV刺突蛋白(S-protein)与人类ACE2受体相连接。本研究利用世界上最强大的超级计算机SUMMIT进行整体对接的虚拟高通量筛选活动，并鉴定可能破坏宿主病毒相互作用的小分子。给出了一个可以进行实验测试的化合物的列表。
研究显示，通过 51575对对接计算，47个 (~0.1% 对接计算) S蛋白和ACE2配体复合物被确定分数大于或等于临界值，其中27个(~0.05% 对接计算) S蛋白可用于进一步研究。本研究选择了4个分值最高的刺突蛋白复合物进行进一步分析研究。前四名的化合物分别是哌罗来斯 (pemirolast ，ZincID: 5783214)，丙酮酸异烟肼(isoniazid pyruvate，ZincID: 4974291)，呋喃妥因(nitrofurantoin，ZincID: 3875368)，圣草酚 (eriodictyol，ZincID: 58117)。这四种化合物中，其中三种(呋喃妥英、异烟肼丙酮酸和圣草酚)均被发现有一个偏爱于与ACE2受体接合的残基。研究人员假设这些有利的相互作用反过来可能限制新型冠状病毒刺突蛋白与ACE2受体的结合，从而限制感染。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：
六、应对疫情相关的社会科学层面诸多问题的潜在驱动因素
1. 2020年2月21日medRxiv预印本：新型冠状病毒（2019-nCoV）爆发期间机构信任在疫情预防和治疗中的作用
机构或团队：宁波大学医学院浙江省病理生理学技术研究重点实验室
事件概要：
宁波大学医学院浙江省病理生理学技术研究重点实验室在medRxiv预印本平台发布“The role of institutional trust in preventive and treatment-seeking behaviors during the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) outbreak among residents in Hubei, China ”。
文章指出，自疫情爆发以来，社区信任以及对政府和卫生机构的支持，对疫情的有效控制十分重要。调查结果显示，与地方政府相比，大多数群众对中央政府提供的信息和预防性指示表示高度信任。85.7%（n =3640）的调查者愿意去医院接受治疗，少部分来自武汉的调查者（16.6％，n =475）和隔离人员（13.8％，n = 550）表示不愿寻求医院治疗。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.15.20023333v1
（资料来源：中国科讯、COVID-19科研动态监测）