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Mol Cell | 武汉大学周宇团队发现m6A修饰通过调控mRNA分流到P-body而调控翻译

来源:2024-01-10

  在细胞质中,mRNA被动态地划分为翻译池和非翻译池,但这种调节的机制在很大程度上仍然是难以捉摸的。 

  20231127日,武汉大学周宇团队(山挺、刘飞燕和温苗苗为该论文的共同第一作者)在Molecular Cell 在线发表题为m6A modification negatively regulates translation by switching mRNA from polysome to P-body via IGF2BP3的研究论文,该研究报道了m6 A调节mRNA在多核糖体和P body之间的分配,P body中存在大量非翻译mRNA通过使用m6 A-LAIC-seqm6 A-LC-MS/MS定量HeLa细胞中多体和细胞质mRNAsm6 A水平,该研究观察到多体相关mRNAs是低m6 A甲基化的,而在P body中富集的mRNA是超m6 A甲基化的。 

  m6 A writer METTL14的下调通过将原来的超m6 A修饰mRNAP body切换到多聚体来增强翻译。相反,通过蛋白质组学分析,发现了一个特定的在P body中富集的m6 A阅读器IGF2BP3,并通过敲低和分子系固实验,证明了IGF2BP3是将靶mRNAs从多核糖体切换到P body的必要和充分条件。这些发现为mRNA在翻译池和非翻译池之间以依赖于m6 A的方式分配的动态调节提供了一个模型。 

  基因的全局表达受到信使RNA (mRNA)水平及其翻译状态的严格控制。与基于mRNA丰度的转录和/或降解调节相比,翻译可能通过结合或分离核糖体的mRNA来调节这些翻译调节过程是由RNA结合蛋白(RBPs)控制的,RBPs结合mRNAs并介导其选择性招募到翻译机制或RNA颗粒中。此外,mRNAs上的修饰(m1 AN6 -甲基腺苷[m6 A]Ψ2’-OMe)也被认为参与了翻译控制。 

  m6 AmRNAs中最丰富的内部修饰,由METTL3-METTL14甲基转移酶复合物催化通过m6 A-seq检测转录组范围内的m6 A,鉴定出超过7000种含有m6 A的哺乳动物mRNAs最近,一系列研究集中在m6 A修饰的量化上,揭示了mA水平(修饰转录物的百分比)在单个基因之间的变化很大,从低于10%到超过90%。研究表明,m6 AmRNA的衰变和翻译中起关键作用。虽然已知m6 A通过YTHDF蛋白家族促进mRNA衰变,但m6 A对翻译的影响似乎是多方面的和复杂的,可能是通过使用不同的m6 A读本来积极或消极地调节翻译YTHDF1YTHDF3m6 A结合可促进靶mRNA的翻译。 

  YTHDC2通过解析mRNA编码区的二级结构提高翻译效率。有趣的是,细胞质METTL3能够通过与eIF3H相互作用而独立于其催化功能促进翻译,并优先增强非m6 A修饰的表观遗传因子mRNAs的翻译mRNA甲基化的增加也会破坏tRNA调节并减少蛋白质输出。最近的一项研究表明,所有三种YTHDF旁系不调节翻译,而是与m6A位点的数量成比例地介导mRNA降解。这些研究中缺失的一个关键信息是m6 A如何定量调节单个靶mRNAs的翻译。 

  机理模式图(图源自Molecular Cell  

  Processing body(P body)是由核糖核蛋白(RNP)颗粒组成并动态组装的细胞质无膜RNA颗粒早期的研究表明,P-body促进mRNA的衰变,而最近的研究表明,P body主要参与mRNA的储存和翻译抑制。高达三分之一的蛋白质编码转录本在P-body中被检测到,有趣的是,富含P-bodymRNAs主要编码调节因子,而缺乏P-bodymRNAs主要来自管家基因。研究发现,mRNA长度、GC含量、邮政编码和microRNAsP-bodymRNA的富集程度相关;然而,RNA修饰是否以及如何参与选择性地将mRNAs转换为P body仍然是难以捉摸的。 

  该研究通过揭示m6 A是在多体和P body之间分配mRNAs的重要元素来解决这些基本问题。通过对细胞质中不同mRNA群体中m6 A水平的定量分析,作者发现m6 A水平与mRNA与多体的关联呈负相关,与P bodymRNA的富集呈正相关。通过敲低m6 A甲基转移酶降低整体m6 A水平导致翻译率(TR)增加和P body富集(PE)降低,这与m6 A修饰的原始水平相关。此外,IGF2BP3直接参与了m6 A修饰mRNAs在多核糖体和P body之间的动态分配。这些发现强调了HeLa细胞胞质中mRNAs在翻译池和非翻译池之间的重组,从而在全局翻译控制中发挥了m6 A-IGF2BP3轴的作用。 

 

  (来源:iNature 

  原文出处:Shan T, Liu F, Wen M, Chen Z, Li S, Wang Y, Cheng H, Zhou Y. m6A modification negatively regulates translation by switching mRNA from polysome to P-body via IGF2BP3. Mol Cell. 2023 Nov 24:S1097-2765(23)00911-5. doi: 10.1016/j.molcel.2023.10.040. Epub ahead of print. PMID: 38016476. 

  链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38016476/