猴痘病毒（Orthopoxvirus monkeypox）Ib分支自刚果民主共和国扩散传播至周边国家，引发了全球广泛关注，世界卫生组织因此于2024年8月14日宣布猴痘为突发公共卫生事件。2025年10月的《The Lancet. Microbe》刊载了一项研究，运用基因组流行病学方法调查中非共和国猴痘疫情反复暴发的原因，旨在明确本次疫情是由频繁的人畜共患病溢出所致，还是由人际传播风险增加所驱动。 

　　该研究对2022年2月17日至2024年9月17日期间中非共和国PCR确诊猴痘病例的猴痘病毒基因组序列开展回顾性横断面分析。采用杂交捕获结合高通量测序技术，对该国20个省份中8个省份（35个卫生区中14个）猴痘疫情暴发的46份标本进行分析。获得的近乎完整的基因组序列用于系统发育基因组学分析。  

　　2022年1月10日至2024年9月15日期间，共确诊猴痘病例89例，其中2024年前9个月确诊53例。研究获得该时期41条近乎完整基因组序列，包括2024年的33条。所有来自中非共和国的新测序基因组及已发表基因组均属于Ia分支。这些基因组涵盖了Ia分支病毒的系统发育多样性，极可能代表了数十次独立的跨种传播事件。猴痘病毒的系统发育多样性在国内呈现明显的地理结构特征。流行病学关联病例往往显示基因组序列完全相同或高度同源。然而，在流行病学信息提示为独立疫情暴发的病例中，研究也检出了完全相同的基因组序列。此外，2024年7月首都班吉的病例由三种不同病毒引起，且三种病毒均在同一天（2024年7月24日）被检出。研究未发现APOBEC3编辑显著富集现象，提示人际传播规模有限。 

　　研究数据表明，中非共和国的猴痘流行主要由多次独立的人畜共患病溢出事件引发短期暴发所驱动，尤其集中在农村地区。尽管证据尚不充分，但在首都班吉，人口流动及来自其他地区的野味贸易等因素可能是病毒进入城市的重要途径。刚果民主共和国也观察到类似的溢出模式。两国对猴痘病毒自然宿主认识不足是该地区面临的共同挑战，因为频繁的病毒溢出会增加暴发风险，进而可能导致病毒在人群中持续传播。除加强疾病监测和防控措施外，深入研究病毒宿主、针对性减少传播机会对预防疫情进一步扩散至关重要。 

　　原文出处：Malaka CN, Patrono LV, Tombolomako TB, Farra E, Sibiro O, Garba-Ouangolé S, Selekon B, Lemon CG, Mbrenga F, Soumah A, Lorke J, Düx A, Semdouto JH, Niatou FSS, Kandou JK, Raphaël M, Moyen JM, Kalthan E, Sako E, Ngbeadego-Soukoudoupou A, Kpahina OA, Lemey P, O'Toole Á, Rambaut A, Somse P, Calvignac-Spencer S, Nakoune E, Hubertus Leendertz F, Boum Y 2nd. Genomic epidemiology of clade Ia monkeypox viruses circulating in the Central African Republic in 2022-24: a retrospective cross-sectional study. Lancet Microbe. 2025 Oct;6(10):101173. doi: 10.1016/j.lanmic.2025.101173. Epub 2025 Sep 4. PMID: 40915313.